Positive Control Plasma 2: high MW gDNA (10ng gDNA)
Bei der „Plasma Genomic cfDNA Extraction Control“ handelt es sich um humanes, DNA-freies Plasma, das mit cfDNA unterschiedlicher Größe versetzt (gespiked) wurde.
Sie dient dazu, den Grad der Kontamination durch genomische DNA (gDNA) in der extrahierten cfDNA zu überwachen.
Das DNA-freie humane Plasma wird entweder mit hochmolekularen gDNA-Molekülen, mit 170-bp-cfDNA-Fragmenten oder mit beidem versetzt.
cfDNA-Fragmente (ca. 170 bp) werden in echtem menschlichem Plasma mit genomischer DNA in voller Länge (als Hintergrund) vermischt. Diese Kontrolle dient dazu, die Größenspezifität der cfDNA-Extraktion mittels des jeweiligen Kits oder der jeweiligen Methode zu bewerten. Eine gute cfDNA-Extraktionsmethode sollte bevorzugt nur die 170 bp große cfDNA isolieren und dabei die chromosomale DNA in voller Länge ausschließen.
Warum eine Extraktionskontrolle?
Die Extraktion von cfDNA aus Patientenplasma ist ein komplexer Prozess, der von Lauf zu Lauf, von Kit zu Kit und von Anwender zu Anwender zu erheblichen Schwankungen führen kann. Kontaminierende, großformatige genomische DNA beeinträchtigt die Quantifizierung von Mutationen in der cfDNA, die typischerweise eine Größe von ca. 170 bp aufweist. Manche Extraktionskits eignen sich besser für die bevorzugte Extraktion dieser 170-bp-Fragmente.
Vier Arten von Spezifitätskontrollen:
- Positivkontroll-Plasma 1 – Hochmolekulare gDNA + 170-bp-Fragmente
- Positivkontroll-Plasma 2 – Nur hochmolekulare gDNA
- Positivkontroll-Plasma 3 – Nur 170-bp-Fragmente
- Negativkontroll-Plasma
